Το νησί έχει δύο μεγάλους οικισμούς. Πρωτεύουσα είναι η Χώρα (ή πόλη Φολέγανδρος), με 316 κατοίκους, χτισμένη στην ανατολική πλευρά, σε ύψωμα 200 μ. Ο άλλος οικισμός, η Άνω Μεριά, βρίσκεται βορειότερα με πληθυσμό 291 κατοίκων, και αποτελεί το πιο παραδοσιακό κομμάτι του νησιού. Είναι ο αγροτικός οικισμός με τα σπίτια να βρίσκονται σε απόσταση μεταξύ τους και να δημιουργούν τις λεγόμενες «Θεμονιές». Μικρότεροι οικισμοί είναι ο Πετούσης και το λιμάνι του νησιού που είναι ο Καραβοστάσης, στο νοτιοανατολικό άκρο του, που απέχει από Πειραιά 102 μίλια και από Νάξο 32 μίλια.
Οι κάτοικοι της νήσου ονομάζονται Φολεγανδρίτες ή Φολεγανδρινοί, και ειδικότερα της Χώρας (πρωτεύουσας), Χωραΐτες – Χωραΐτισσες.
Πειρατικές ιστορίες, θρύλοι και εχθρικές επιδρομές συνθέτουν το σκηνικό και την “άγρια” ομορφιά της Φολεγάνδρου. Ένα κυκλαδίτικο νησί, που μέχρι πριν από τέσσερις δεκαετίες ήταν χωρίς ηλεκτρικό ρεύμα, με ένα μόνο τηλέφωνο, χωρίς ξενοδοχεία και τουρίστες, πλέον κατακλύζεται από κόσμο τους καλοκαιρινούς μήνες, καταφέρνοντας ωστόσο να διατηρεί τη δική του, μοναδική και πρωτίστως αυθεντική “ταυτότητα”.
Έλληνες και ξένοι, από τα τέλη Μαΐου σεργιανίζουν στα πλακόστρωτα της Χώρας και στα στενά του Κάστρου, απολαμβάνουν την πανοραμική θέα του Αιγαίου από το βράχο της Παναγίας, κολυμπούν σε ερημικές και πολυσύχναστες παραλίες και εξερευνούν τη φύση μέσα από τα μονοπάτια που διατρέχουν κάθε γωνιά του νησιού.
Στην κορύφωση της σεζόν, το νησί μπορεί να φιλοξενήσει έως και 4.500 άτομα στις περίπου 2.000 κλίνες που διαθέτει αλλά και στο κάμπινγκ.
Τα τελευταία χρόνια, το νησί έχει αλλάξει πολύ, καθώς διπλασιάστηκαν σχεδόν τα καταλύματα. “Η ανοικοδόμηση ξεκίνησε από τη δεκαετία του ’90, όμως εδώ και πέντε χρόνια υπήρξε μία “έκρηξη”. Φροντίζουμε, όμως, να μην χάνουμε την αυθεντικότητά μας, αφού δεν θέλουμε να αλλοιωθεί ο τόπος μας” προσθέτει ο δήμαρχος.
Το κλίμα της Φολεγάνδρου είναι ξηρό, με εξαιρετικά λίγες βροχές. Το νησί είναι εξαιρετικά εκτεθειμένο σχεδόν όλη τη διάρκεια του έτους σε ισχυρούς βορείους ανέμους. Χαρακτηριστικό στοιχείο της έντασής τους είναι η κλίση που έχουν λάβει τα δέντρα του νησιού προς το νότο. Ειδικά το χειμώνα φτάνουν σε ένταση που εμποδίζουν ακόμα και την προσέγγιση από πλοία της γραμμής.
Αυτό το στοιχείο έχει αρνητική επίδραση στην προοπτική κατασκευής διαφόρων εγκαταστάσεων –ιδίως λιμενικών και γεωργικών. Για την προστασία των καλλιεργειών έχουν κατασκευαστεί αναβαθμοί, ενώ την προστασία των οπωροφόρων κυκλικά τοιχία ανά δέντρο. Οι Νότιοι άνεμοι σπανίζουν στο νησί. Πιο συχνά δημιουργούνται την Άνοιξη. Όταν συμβαίνει αυτό, συνοδεύονται από ομίχλη η οποία είναι εντονότερη στη στεριά απ’ ότι στη θάλασσα.
Η Φολέγανδρος συνδέεται με συχνά δρομολόγια πλοίων με την Αθήνα και το λιμάνι του Πειραιά, κυρίως κατά τους καλοκαιρινούς μήνες. Η ακτοπλοϊκή διαδρομή Πειραιάς – Φολέγανδρος εξυπηρετείται και από συμβατικά και από ταχύπλοα πλοία και το καλοκαίρι τα δρομολόγια των πλοίων είναι τουλάχιστον 3 κάθε μέρα. Τους χειμερινούς μήνες υπάρχουν 2 με 3 πλοία την εβδομάδα που κάνουν το δρομολόγιο από την Αθήνα για τη Φολέγανδρο, συνήθως συμβατικού τύπου.

Μπορείς επίσης να φτάσεις στη Φολέγανδρο εύκολα και με ενδιάμεσο προορισμό κάποιο από τα μεγάλα νησιά των Κυκλάδων, για παράδειγμα τη Σαντορίνη, τη Νάξο, τη Μύκονο ή τη Σύρο ενώ βρίσκεται επίσης πολύ κοντά και στην Ίο, τη Σίφνο, την Πάρο, και την Μήλο.